Di antica discendenza legata a Federico I Barbarossa, i Baglioni assunsero a pieno titolo la signoria di Perugia nel lontano 1162 con Ludovico Oddo Baglioni.
Nel periodo fra il 1438 e il 1479 la dinastia esercitò su Perugia una signoria occulta, non caratterizzata cioè da un totale controllo dei poteri civici: Braccio I Baglioni, sfruttando la sua posizione di capitano delle milizie della Santa Sede ed essendo egli anche nipote di Braccio da Montone, precedente signore della città, esercitò un’influenza che ne sancì presto la supremazia. Fu anche signore di Bastia, Cannara e Sterpeto, territori in parte ereditati dal padre.
In quegli anni il centro umbro visse un periodo di florida crescita: i Baglioni attuarono una politica di espansione e abbellimento, facendo costruire nuove strade e bei palazzi. Tra il 1429 e il 1433 venne ampliato il palazzo dei Priori, furono costruite chiese e cappelle private, mentre il mecenatismo della famiglia richiamò a Perugia artisti come Piero della Francesca e il Pinturicchio. Venne eretto anche un imponente palazzo signorile come residenza privata della casata.
La morte di Braccio Baglioni, avvenuta nel 1479, avrebbe destinato il feudo al piccolo nipote Federico Grifonetto, figlio di Grifone Baglioni, ucciso prima che il figlio nascesse. A usurparne il potere sono stati però i fratelli di Braccio, Guido e Rodolfo, insieme ad Astorre, figlio di Guido: un assetto che gode comunque dell’appoggio sia del papa sia di Lorenzo de’ Medici, influente in città.